Болезнь характеризуется загниванием семян и проростков в почве, поражением молодых корешков, полеганием и отмиранием неодревесневших сеянцев. Возбудителями заболевания являются почвообитающие грибы из родов Fusarium, Alternaria, Rhizoctonia, Pythium. Болезнь поражает преимущественно посевы хвойных пород (сосны, ели, лиственницы), в меньшей степени от нее страдают всходы клена, липы, вяза, тополя и других лиственных пород.
Полегание сеянцев развивается чаще всего на посевах не старше 2-3 месяцев, в связи с чем данную болезнь иногда называют «младенческой болезнью» сеянцев. При этом процесс заболевания подразделяют на две фазы: довсходовую и послевсходовую.
Довсходовая (скрытая) фаза развивается в первые дни прорастания высеянных семян. Под действием токсических веществ возбудителей болезни, обитающих преимущественно на органических остатках формирующиеся корешки, ростковая трубка гипокотиля и содержимое семени загнивают, и молодой проросток отмирает, не успевая выйти на поверхность почвы. Основным внешним признаком довсходовой фазы являются редкие всходы в посевном отделении.
Послевсходовая фаза развития проявляется на 5-20-дневных сеянцах. У них загнивают периферические (наружные) части центрального корешка и основание стебелька. Стебелек у корневой шейки утончается, в этом месте образуется бурая кольцевая перетяжка, он теряет упругость, ложится на землю и отмирает.
Отмершие сеянцы располагаются куртинами. Это объясняется тем, что грибница патогенов распространяется по поверхности почвы от больных растений к здоровым и наиболее часто поражает сеянцы, растущие вдоль посевных бороздок.
Скорость распространения мицелия грибов, составляет 2-5 см в сутки. При благоприятных погодных условиях для развития патогенов очаги отмирания быстро увеличиваются и в случае сближения друг с другом сливаются, вызывая значительный отпад сеянцев. Наиболее интенсивно отпад сеянцев от болезни происходит в первые две-три недели после появления всходов.
Во влажную погоду у корневой шейки зараженных сеянцев можно заметить слабый паутинистый налет мицелия и спороношения гриба. Больные сеянцы легко выдергиваются из почвы вместе с осевым цилиндром корешка.
Загнивание корешков у молодых сеянцев может наблюдаться и в возрасте 6-8 недель, причем растения уже не полегают, отмирают стоя, так как к этому времени их стволики достаточно одревесневают. Иногда у 3-месячных сеянцев может происходить увядание верхних частей. Хвоя теряет тургор и приобретает характерный как бы помятый вид.
Интенсивность развития болезни зависит от многих факторов: погодных условий весеннего периода, степени зараженности почвы патогенными грибами, времени и глубины посева семян, состояния сеянцев. Развитию болезни благоприятствуют: дождливая и прохладная погода в мае — июне, глубокая заделка семян, наличие корки на поверхности почвы, загущенность посевов.
Наиболее часто полегание сеянцев вызывается грибами рода Fusarium. В этом случае болезнь называют фузариозом. Патогенность их по отношению к разным породам неодинакова. Особенно распространены и опасны виды Fusarium oxysporium, Fusarium sporotrichoides, Fusarium bulgigemim. Это факультативные паразиты, обитающие в почве на растительных остатках, в том числе и на отмерших частях сельскохозяйственных культур. На пораженных сеянцах они формируют белую с розоватым оттенком грибницу. Размножаются грибы при помощи конидиальных спороношений, образующих макро- и микроконидии.
Макроконидии чаще веретеносерповидные, с одной или несколькими поперечными перегородками. Верхняя и нижние клетки их сужены и закруглены. Микроконидии более мелкие, эллипсоидальные, обычно одноклеточные, реже двухклеточные. При наступлении неблагоприятных условий грибы образуют округлые хламидоспоры с хорошо развитыми оболочками. Они устойчивы к высоким и низким температурам, резкому изменению влажности и к другим неблагоприятным факторам внешней среды.
В питомниках, заложенных на суглинистых богатых органическими веществами почвах, полегание сеянцев чаще вызывают грибы рода Rhizoctonia. Они образуют обильно разветвленный, светло-коричневый мицелий, пронизывающий верхний слой почвы. Он формирует хламидоспоры и склероции диаметром 3-7 мм, в стадии которых зимует.
Полегание сеянцев древесных пород в отдельных питомниках также могут вызывать грибы рода Alternaria. Они образуют серовато-коричневую грибницу, на которой развиваются одиночные или собранные в пучки конидиеносцы, несущие на концах лимоновидные конидии, разделенные продольными и поперечными перегородками на клетки. Патогенность этих грибов слабее по сравнению с таковой у описанных выше.
На влажных плотных почвах полегание всходов хвойных пород вызывают грибы рода Pythium. Они формируют бесцветный, часто разветвленный без поперечных перегородок мицелий. На окончаниях мицелиальных нитей располагаются шаровидные вздутия, представляющие бесполое спороношение (спорангии). При поражении грибница распространяется между паренхимными клетками всходов и образует в разлагающихся тканях половые споры — ооспоры. Обычно эти грибы поражают молодые проростки. Они отмирают раньше, чем достигают поверхности почвы.
Основным источником инфекции, вызывающей полегание сеянцев, являются зараженная почва (возбудители могут обитать в ней сапротрофно на органических остатках), значительно реже — семена, загрязненные спорами патогенов, и покровный материал, применяемый для укрытия посевов.
Полегание не следует смешивать с опалом (солнечным ожогом) корневой шейки всходов и сеянцев, с повреждениями, вызванными почвообитающими насекомыми, засухой и механическими факторами. Для установления причины заболевания используют влажную камеру или проводят микроскопический анализ пораженных участков сеянцев.