В разных странах при выращивании бонсай предпочтение отдается различным 
растениям — представителям местной флоры или, наоборот, совершенно экзотическим видам. Японцы предпочитают деревья с мелкой листвой, а также хвойные виды — криптомерию японскую, тису, сосну. Не менее популярны айва, азалия, камелия и многие растения, имеющие необычную окраску цветков и плодов.
В странах с теплым климатом бонсай круглогодично содержат на открытом воздухе; в местностях с холодной зимой растения выращивают в комнатных условиях, поэтому и выбирают вид, соответствующий условиям содержания.
При выборе растения для выращивания в стиле бонсай необходимо учитывать много факторов: условия естественного произрастания, климат, степень освещенности растения в помещении, способы размножения, необходимая влажность воздуха, умение ухаживать за внешним видом растения, правильный состав землесмеси, способы пересадки и др.
При выборе деревца для бонсай необходимо обращать внимание на корневую систему растения. Кроме мочковатых корней должны присутствовать еще и сильные основные корни, которые также будут принимать участие в эстетическом, художественном оформлении бонсай. Выступающие и располагающиеся на поверхности почвы корни считаются очень эффектным и важным элементом.
Основной внешний образ, естественно, создают ствол и ветви растения. Ствол должен быть крепким, без болезней и повреждений, поскольку от него будет зависеть продолжительность жизни растения. Ветви должны располагаться на стволе в последовательном порядке — уменьшаясь снизу вверх. Слабые и мелкие веточки удаляют, поскольку они будут забирать питательные вещества у здоровых и крепких побегов.
Листья играют не менее важную роль в бонсай. Особую оригинальность придают дереву листья с необычной окраской. Листочки должны быть мелкие и густо расположенные.
Выращивая тропические растения (бамбук, драцену, фикус), необходимо на протяжении всего года поддерживать температуру воздуха не ниже 20 °С и создавать растениям влажность 65-80%. Субтропическим представителям (цитрусовые, гранат, азалия, суккуленты) в зимний период требуется температура содержания 8-10 °С. Растениям, произрастающим в природных условиях в областях с умеренным климатом, температуру содержания зимой необходимо поддерживать в пределах 0-5 °С, что в комнатных условиях бывает очень затруднительно. И этот период растениям укрывают корневую систему.