Различные виды растений требуют различного состава почвы. Самые главные условия 
для выращивания бонсай таковы:
-почва должна обладать способностью, сохранять влагу;
-почва должна содержать минеральные вещества и кислород;
-почва должна обеспечивать дренаж, во избежание загнивания корневой системы.
Земляную смесь готовят из перегноя, лиственной земли, глины, гумуса, крупнозернистого песка, торфа, замешивая необходимый состав почвы, соответствующий тому или иному виду растения. Песок, входящий в состав земляной смеси, играет большую роль — дает возможность разрастаться тонким корням и, кроме того, обеспечивает дренаж. Благодаря этому дерево имеет возможность поглощать воду, питательные вещества и кислород. Для некоторых видов растений в почву дополнительно добавляют костную муку или роговую стружку.
Для хвойных растений необходимо обеспечить хороший дренаж, почвенную смесь составляют из пяти частей перегноя, одной части лиственной земли и песка.
Для листопадных видов бонсай применяют землесмесь из равных частей лиственной земли и песка.
Плодовые и красивоцветущие экземпляры нуждаются в почве с одинаковыми пропорциями листовой земли и перегноя. Вересковые (азалия, рододендрон) хорошо развиваются в почве такого состава: 1 часть вересковой земли, 0,5 части перегноя и 0,5 части торфа.
Для хвойных, вересковых и некоторых тропических видов растений необходима более кислая почва.